Wie het EASA-theorie-examen voor de ATPL heeft gehaald, krijgt daarvoor credit voor de theorie-eisen van LAPL, PPL, CPL en (behalve bij helikopters) de IR en BIR in dezelfde categorie luchtvaartuig1. Een MCC-certificaat is een voorwaarde voor de eerste type rating op een multi-pilot vliegtuig, tenzij de type rating gecombineerd wordt met een MCC-cursus2. Voor de theorie in het modulaire traject zijn er drie cursussen: IR, CPL en ATPL1. IR-theorie omvat zeven van de dertien ATPL-vakken, waarvan maar twee vrijstelling geven voor de CPL-theorie1. Alle cursussen moeten binnen 36 maanden worden afgerond1. Voor de ATPL-theorie heb je 18 maanden om alle 13 examens te halen9. bijgewerkt De geldigheid van de theorie staat ook beschreven in FCL.035(b)(1) van de Easy Access Rules for Aircrew1. Binnen het modulaire traject is VFR CPL-theorie nauwelijks herbruikbaar voor IR of ATPL, maar andersom wel1. De cursussen voor het modulaire traject verschillen weinig in prijs1. Volgens een bron uit 2010 was voor de modulaire ATPL-theorieopleiding wiskunde en natuurkunde op havo- of mbo-4-niveau een toelatingseis6. Voor de afgifte van het ATPL-brevet zelf (niet voor de theorie) vraagt Part-FCL onder meer een CPL met multi-engine IR (of een MPL), geslaagde ATPL-theorie-examens en minimaal 70 uur PIC binnen de ervaringseisen2.

Voor een theorie-examen, zoals PPL of ATPL, is voordracht door een DTO of ATO vereist, die moet bevestigen dat de kandidaat 'exam ready' is10. Een havo-diploma versneld halen houdt de opties het grootst, omdat zonder havo de grote maatschappijen in Nederland niet bereikbaar zijn11. Wiskunde en natuurkunde op havo-niveau helpen ook bij de theorieopleiding11.

Voor de ATPL-theorie geldt maximaal 4 pogingen per vak; na 4 mislukte pogingen moet men alle examens opnieuw doen9. bijgewerkt Sommige airlines filteren op de ATPL-theoriescore en er circuleert een grens van maximaal 1 fail1. Het kan daarom beter zijn om niet alle zeven vakken van module 1 in één sitting te doen1. Volgens een co-piloot in 2010 ligt de ATPL-theorie qua niveau net op of onder mbo-niveau, ook bij integrated opleidingen; wel moet men veel informatie in korte tijd verwerken6. Ook met een mavo/mbo-vooropleiding is de ATPL-theorie goed te doen: de theorie is niet moeilijk, het is alleen een ontzettend grote hoeveelheid stof, volgens een piloot in 20075. De cesuur voor de ATPL-theorie is 75%9. bijgewerkt

Bij de Austro Control-examens (bij Orbit) werd niet gekeken naar het exacte type flight computer of voorgedrukte tabellen, volgens een student in 20243. Wel was een digitale flight computer expliciet verboden3. Bij het ATPL-examen Meteorologie, dat 84 vragen telt en een slaaggrens van 75% heeft, zijn veel vragen dubbelzinnig1. Vragenbanken zoals Bristol en ATPLQ geven soms verschillende antwoorden op dezelfde vraag, dus oefenen met vragenbanken is onmisbaar, maar let op varianten van vragen met net andere getallen1.