Bij de aanslagen van 11 september 2001 kaapten terroristen van al-Qaida vier Amerikaanse passagiersvliegtuigen op binnenlandse vluchten: American Airlines-vlucht 11, United Airlines-vlucht 175, American Airlines-vlucht 77 en United Airlines-vlucht 931. Bij de aanslagen van 11 september 2001 vlogen de kapers twee toestellen in de torens van het World Trade Center in New York en een derde in het Pentagon; het vierde stortte neer in Pennsylvania1. American Airlines-vlucht 11 was een Boeing 767 van Boston Logan naar Los Angeles die op 11 september 2001 om 7:59 opsteeg1. American Airlines-vlucht 11 werd op 11 september 2001 rond 8:14 gekaapt en vloog om 8:46:40 in de Noordtoren van het World Trade Center1. United Airlines-vlucht 175 was een Boeing 767 van Boston Logan naar Los Angeles die op 11 september 2001 om 8:14 opsteeg1. United Airlines-vlucht 175 werd op 11 september 2001 tussen 8:42 en 8:46 gekaapt en vloog om 9:03:11 in de Zuidtoren van het World Trade Center1. American Airlines-vlucht 77 was een Boeing 757 die op 11 september 2001 om 8:20 vanaf Washington Dulles opsteeg met bestemming Los Angeles1. American Airlines-vlucht 77 werd op 11 september 2001 tussen 8:51 en 8:54 gekaapt en vloog om 9:37:46 in het Pentagon1. United Airlines-vlucht 93 was een Boeing 757 van Newark naar San Francisco die op 11 september 2001 pas om 8:42 opsteeg, met meer dan 25 minuten vertraging door druk ochtendverkeer1. United Airlines-vlucht 93 werd op 11 september 2001 om 9:28 gekaapt en stortte om 10:03:11 neer in Pennsylvania, 125 mijl van Washington1. Volgens de NTSB-vluchtpadstudie van American Airlines-vlucht 77 ging het om een Boeing 757-200 met registratie N644AA, en werd de vlucht deels gereconstrueerd met de op de crashlocatie geborgen flight data recorder2. Volgens de NTSB-vluchtpadstudie van United Airlines-vlucht 93 ging het om een Boeing 757-200 met registratie N591UA, die bij Shanksville in Pennsylvania neerkwam3.

Bij de aanslagen van 11 september 2001 kwamen volgens het 9/11 Memorial & Museum 2.977 mensen uit 90 landen om het leven5. Bij de aanslagen van 11 september 2001 vielen volgens het 9/11 Memorial & Museum 2.753 doden in New York, 184 bij het Pentagon en 40 aan boord van United Airlines-vlucht 935. De 9/11 Commission noemt de aanslagen van 11 september 2001, met 2.973 doden, het grootste verlies aan mensenlevens door een vijandige aanval op Amerikaans grondgebied in de geschiedenis6. Bij de aanslagen van 11 september 2001 verloor de brandweer van New York (FDNY) 343 mensen, de politie van de Port Authority 37 en de NYPD 236. Aan boord van American Airlines-vlucht 11 waren 2 piloten, negen stewardessen en 81 passagiers, onder wie de vijf kapers; niemand overleefde1. Aan boord van United Airlines-vlucht 175 waren 2 piloten, zeven stewardessen en 56 passagiers; volgens de 9/11 Commission zaten de vijf kapers bij die passagiers1. Aan boord van American Airlines-vlucht 77 waren 2 piloten, vier stewardessen en 58 passagiers, onder wie de vijf kapers1. Aan boord van United Airlines-vlucht 93 waren 2 piloten, vijf stewardessen en 37 passagiers, de vier kapers meegeteld1. De Flight 93 National Memorial herdenkt de 40 passagiers en bemanningsleden van United Airlines-vlucht 93 die op 11 september 2001 omkwamen7.

De NTSB publiceerde op 19 februari 2002 voor elk van de vier gekaapte vluchten van 11 september 2001 een vluchtpadstudie op basis van radargegevens; bij American Airlines-vlucht 11 beschrijft die een vlucht van 1 uur en 47 minuten4. Volgens de 9/11 Commission kwamen alle 19 kapers van de aanslagen van 11 september 2001 door de beveiligingscontroles op de luchthavens: negentien op negentien8. De 9/11 Commission concludeerde dat de belangrijkste tekortkoming rond de aanslagen van 11 september 2001 een gebrek aan verbeeldingskracht was: leiders begrepen de ernst van de dreiging niet8. Op 11 september 2001 bevatte de no-flylijst van de FAA volgens de 9/11 Commission de namen van slechts 12 terreurverdachten9. Voor de aanslagen van 11 september 2001 verboden de FAA-regels messen met een lemmet korter dan 4 inch niet uitdrukkelijk, en de controlerichtlijn van de luchtvaartmaatschappijen stond ze zelfs toe9. Voor de aanslagen van 11 september 2001 kwamen in het voorselectiesysteem CAPPS alleen passagiers met ingecheckte bagage in aanmerking voor extra controle, en die controle gold dan alleen de bagage9. Voor de aanslagen van 11 september 2001 schreven FAA-regels voor dat cockpitdeuren in een noodgeval gemakkelijk toegang moesten bieden; versterkte, afgesloten deuren waren er niet9. Voor de aanslagen van 11 september 2001 leerde de luchtvaart bemanningen om aan de eisen van kapers tegemoet te komen, veilig te landen en het verdere optreden aan politie of leger over te laten9. Bij de aanslagen van 11 september 2001 gingen de kapingsprotocollen van FAA en NORAD uit van een herkenbaar toestel, voldoende tijd en een traditionele kaping, niet van een zelfmoordkaping waarbij het vliegtuig als geleid projectiel dient1. Bij de aanslagen van 11 september 2001 had de luchtverdediging NEADS negen minuten waarschuwingstijd voor American Airlines-vlucht 11 en geen enkele voor de andere drie vluchten1.

Na de aanslagen van 11 september 2001 gaf de FAA om 9:42 alle vliegtuigen boven de Verenigde Staten opdracht om op de dichtstbijzijnde luchthaven te landen; ongeveer 4.500 toestellen landden zonder incidenten1. Na de aanslagen van 11 september 2001 bleef voor het eerst in de geschiedenis al het niet-noodzakelijke burgerluchtverkeer in de Verenigde Staten aan de grond; het luchtruim ging pas op de ochtend van 13 september weer open10. Als reactie op de aanslagen van 11 september 2001 richtte de Aviation and Transportation Security Act van 19 november 2001 de Transportation Security Administration (TSA) op, met federale medewerkers voor de screening van passagiers en bagage11. De Aviation and Transportation Security Act, aangenomen na de aanslagen van 11 september 2001, eiste dat alle ingecheckte bagage vanaf 31 december 2002 werd gescreend11. Na de aanslagen van 11 september 2001 moesten Amerikaanse passagierstoestellen na 9 april 2003 een versterkte cockpitdeur hebben die voldoet aan 14 CFR 25.79512. Na de aanslagen van 11 september 2001 schrijft ICAO Annex 6 sinds 1 november 2003 een versterkte, afsluitbare cockpitdeur voor in passagierstoestellen boven 45.500 kg of met meer dan 60 stoelen13. Op het moment van de aanslagen van 11 september 2001 waren er volgens de 9/11 Commission slechts 33 getrainde en bewapende Federal Air Marshals; die dienst werd daarna sterk uitgebreid9. Na de aanslagen van 11 september 2001 kwam bij wet van 25 november 2002 het Federal Flight Deck Officer-programma, waarin vrijwillige verkeersvliegers als federale wetshandhavers de cockpit mogen verdedigen14. Na de aanslagen van 11 september 2001 beval de 9/11 Commission aan dat de TSA de no-fly- en selectielijsten zou beheren met de veel bredere terroristenlijsten van de federale overheid15. Tijdens de aanslagen van 11 september 2001 werd rond 10:25 de toestemming bevestigd om gekaapte vliegtuigen zo nodig met gevechtsvliegtuigen neer te halen1.

Aan boord van United Airlines-vlucht 93 hoorden passagiers en bemanning via telefoongesprekken van de aanslagen op het World Trade Center; in vijf gesprekken spraken zij hun voornemen uit om in opstand te komen1. Op United Airlines-vlucht 93 begon om 9:57 de aanval van de passagiers op de kapers; volgens de 9/11 Commission werd het doel, het Capitool of het Witte Huis, daardoor niet bereikt1. Het 9/11 Memorial & Museum in New York herdenkt de 2.977 doden van de aanslagen van 11 september 2001 en de 6 doden van de bomaanslag op het World Trade Center van 26 februari 19935. De Flight 93 National Memorial bij Shanksville, beheerd door de National Park Service, eert de passagiers en bemanning van United Airlines-vlucht 93, die met hun optreden een aanval op het Capitool verhinderden7.