Total-vlucht 5561 was een vrachtvlucht van Total Linhas Aéreas met de ATR 42-300 PT-MTS van Guarulhos naar Londrina, met lading van de Braziliaanse post (Correios)1. Total-vlucht 5561 vertrok om 04:52 lokale tijd van Guarulhos en klom naar FL 180; om 05:40 verloor de luchtverkeersleiding van Curitiba het radarcontact1. Na het bereiken van FL 180 verliet de gezagvoerder van Total-vlucht 5561 zijn stoel om zich om te kleden, omdat hij na de landing in Londrina met een andere vlucht naar Belo Horizonte wilde1. Bij Total-vlucht 5561 schakelde vijf seconden nadat de 'event'-knop was ingedrukt de automatische piloot uit en liep de trim van het hoogteroer weg in de richting neus omlaag1. De copiloot van Total-vlucht 5561 herkende de wegloop van de trim 17 seconden na het begin; de stroomonderbreker werd pas 28 seconden na het begin uitgeschakeld1. Total-vlucht 5561 trof de grond met ongeveer 30 graden helling naar links, een neus-omlaagstand van ongeveer 45 graden en een snelheid van ongeveer 366 knopen; het toestel werd volledig vernield1.

Bij de crash van Total-vlucht 5561 kwamen beide piloten om; er waren geen passagiers aan boord1.

Het CENIPA onderzocht bij Total-vlucht 5561 twee hypothesen voor de wegloop van de trim: een onbedoelde bediening van de reserve-trimschakelaar en een elektrische storing in het trimsysteem; de elektrische storing werd als meest waarschijnlijk beschouwd1. Volgens het CENIPA kon bij Total-vlucht 5561 een defect relais onopgemerkt blijven doordat de operationele onderhoudstest JIC 27-32-00 onduidelijk was en gedeeltelijk uitgevoerd kon worden1. Het CENIPA stelde vast dat er ten tijde van Total-vlucht 5561 geen noodprocedure voor wegloop van de hoogteroertrim in de handboeken van de fabrikant stond, en dat de copiloot die procedure niet had getraind1. Als bijdragende factoren bij Total-vlucht 5561 noemde het CENIPA ook onduidelijke communicatie tussen de piloten tijdens de noodsituatie; of de afwezigheid van de gezagvoerder uit zijn stoel het ongeval veroorzaakte, kon niet worden vastgesteld1. Het eindrapport A-006/CENIPA/2007 over Total-vlucht 5561 is gedateerd 30 maart 2007; de Franse BEA plaatste in een bijlage kritiek, onder meer dat een waarschijnlijke of vastgestelde oorzaak ontbrak1.

Na Total-vlucht 5561 deed het CENIPA aanbevelingen aan de ANAC, Total Linhas Aéreas en ATR, waaronder een noodprocedure voor wegloop van de hoogteroertrim in de handboeken van de ATR 42 en ATR 721. Na Total-vlucht 5561 bracht ATR in februari 2003 een Service Bulletin uit voor een nieuwe beschermkap op de schakelaar 'Stand-by Pitch Trim', die de Franse luchtvaartautoriteit met AD 2003-106(B) verplicht stelde1.

Volgens PlaneCrashInfo werd het wrak van Total-vlucht 5561 gevonden op een boerderij, rond een krater2.