Japan Airlines-vlucht 907 was een binnenlandse lijnvlucht met de Boeing 747-400D JA8904 van Tokyo International Airport (Haneda) naar Naha, met 411 passagiers en 16 bemanningsleden, in totaal 427 personen
1. Japan Airlines-vlucht 958 was een lijnvlucht met de Douglas DC-10-40 JA8546 van Pusan in Zuid-Korea naar New Tokyo International Airport (Narita), met 237 passagiers en 13 bemanningsleden, in totaal 250 personen
1. Bij de bijna-botsing van Japan Airlines-vlucht 907 en 958 verwisselde de verkeersleiding van Tokyo ACC na een conflictwaarschuwing de vluchtnummers en gaf vlucht 907, die aan het klimmen was, de opdracht te dalen
1. Direct nadat Japan Airlines-vlucht 907 begon te dalen, gaf het botsingswaarschuwingssysteem TCAS het advies te klimmen, maar de bemanning bleef de instructie van de verkeersleiding volgen; vlucht 958 daalde volgens zijn eigen TCAS-advies
1. Japan Airlines-vlucht 907 en 958 naderden elkaar op zicht tot ongeveer 135 meter, met een gemiddeld hoogteverschil van 130 voet, op 7 zeemijl ten zuiden van het Yaizu-baken tussen 35.500 en 35.700 voet
1. Vlak voor de kruising dook Japan Airlines-vlucht 907 abrupt omlaag om onder vlucht 958 door te gaan; passagiers en cabinepersoneel kwamen los van vloer of stoel en vielen terug, waardoor velen gewond raakten
1. Japan Airlines-vlucht 907 keerde na de bijna-botsing terug en landde om 16:44 uur op Tokyo International Airport; vlucht 958 landde om 16:32 uur op New Tokyo International Airport
1.