EgyptAir-vlucht 990 was een lijnvlucht van Los Angeles naar Caïro met een tussenlanding op John F. Kennedy International Airport in New York, uitgevoerd met de Boeing 767-366ER met registratie SU-GAP1. EgyptAir-vlucht 990 vertrok op 31 oktober 1999 rond 01.20 uur Eastern Standard Time van JFK in New York naar Caïro1. Omdat de vlucht van New York naar Caïro ongeveer 10 uur duurde, had EgyptAir-vlucht 990 volgens de Egyptische regels twee volledige cockpitbemanningen aan boord, elk bestaande uit een gezagvoerder en een eerste officier1.

Aan boord van EgyptAir-vlucht 990 waren 4 cockpitbemanningsleden, 10 stewards en stewardessen en 203 passagiers1. Bij het ongeval met EgyptAir-vlucht 990 kwamen alle 217 mensen aan boord om en werd het toestel vernield1.

Het onderzoek naar EgyptAir-vlucht 990 viel als ongeval in internationale wateren onder Egypte, maar op verzoek van de Egyptische regering nam de Amerikaanse NTSB de volledige verantwoordelijkheid voor het onderzoek op zich1. De NTSB stelde op 13 maart 2002 vast dat de waarschijnlijke oorzaak van het ongeval met EgyptAir-vlucht 990 het verlaten van de normale kruisvlucht en de daaropvolgende inslag in de oceaan was, als gevolg van stuurbewegingen van de reserve-eerste officier; de reden voor zijn handelen werd niet vastgesteld1. Volgens de NTSB waren de neerwaartse bewegingen van EgyptAir-vlucht 990 niet het gevolg van een storing in het hoogteroer of een ander technisch defect, en kwam geen enkel mechanisch storingsscenario overeen met de gegevens van de vluchtrecorder1. De NTSB stelde bij EgyptAir-vlucht 990 vast dat de gezagvoerder na zijn terugkeer in de cockpit probeerde het toestel te herstellen, en dat herstel volgens tests mogelijk was maar niet lukte1. De Egyptische luchtvaartautoriteit ECAA was het niet eens met de conclusie van de NTSB over EgyptAir-vlucht 990 en stelde een eigen rapport op, dat als bijlage bij het NTSB-rapport is gevoegd1. Volgens de ECAA was er bij EgyptAir-vlucht 990 geen bewijs van opzet of motief en wezen beschadigde onderdelen van het hoogteroersysteem op een mogelijk technisch defect, dat volgens de ECAA verder onderzoek verdiende1. Het NTSB-rapport over EgyptAir-vlucht 990 is een Aircraft Accident Brief met nummer NTSB/AAB-02/01, vastgesteld op 13 maart 20021.

Naar aanleiding van EgyptAir-vlucht 990 stuurde de directeur-generaal van de ECAA op 4 juni 2000 drie veiligheidsaanbevelingen aan de Amerikaanse FAA over het hoogteroersysteem van de Boeing 767, pilotentraining en onderhoud1. De aanbevelingen van de ECAA na EgyptAir-vlucht 990 leidden volgens de ECAA tot twee luchtwaardigheidsaanwijzingen van de FAA en tot een evaluatie van ontwerpwijzigingen door Boeing1. De NTSB merkte bij EgyptAir-vlucht 990 op dat het onderzoek baat zou hebben gehad bij beeldopnamen uit de cockpit, en verwees naar haar aanbevelingen A-00-30 en A-00-31 van 11 april 2000 voor crashbestendige cockpitcamera's1.

EgyptAir-vlucht 990 is een van de bekendste voorbeelden van een ongeval waarbij de onderzoeksraad en de staat van de luchtvaartmaatschappij officieel van mening verschilden over de oorzaak1. EgyptAir-vlucht 990 werd uitgevoerd met een Boeing 767-366ER met serienummer 245422.