De Japan Transport Safety Board publiceerde op 25 december 2024 een eerste en op 25 december 2025 een tweede tussenrapport over de botsing op Haneda; een eindrapport stond op 1 oktober 2026 nog niet op de site van de JTSB
3. Volgens het eerste JTSB-tussenrapport ontstond de botsing op Haneda waarschijnlijk door een combinatie van drie factoren: het kustwachttoestel meende toestemming te hebben om de baan op te gaan, de verkeerstoren merkte niet dat het op de baan stond, en JAL-vlucht 516 zag het toestel pas vlak voor de botsing
2. De JTSB acht het zeer waarschijnlijk dat de gezagvoerder en de copiloot van het kustwachttoestel JA722A de instructie om naar het wachtpunt bij C5 te taxiën opvatten als toestemming om de baan op te gaan
2. Volgens de JTSB wisten de piloten van het kustwachttoestel bij de botsing op Haneda niet dat JAL-vlucht 516 in aantocht was, omdat die toestemming om te landen al had gekregen voordat zij naar de torenfrequentie overschakelden
2. De verkeersleider van Haneda volgde volgens de JTSB de nadering van JAL-vlucht 516 en was zich er niet van bewust dat het kustwachttoestel de baan op was gereden
2. Het systeem dat in de verkeerstoren van Haneda waarschuwt bij dubbel baangebruik gaf ten tijde van de botsing alleen een visuele waarschuwing via kleurverandering op het scherm; een geluidsalarm was er niet
2. In het tweede tussenrapport over de botsing op Haneda onderzoekt de JTSB onder meer vermoeidheid van de gezagvoerder van het kustwachttoestel, het ontbreken van een sterile-cockpitregel bij de kustwachtbasis en het zicht op het toestel op de baan, mede omdat beide piloten van JAL-vlucht 516 een head-up display gebruikten
1.