Bij de botsing op Haneda raakte Japan Airlines-vlucht 516, een Airbus A350-941 met registratie JA13XJ, om 17:47:27 na de landing op baan 34R een Bombardier DHC-8-315 van de Japanse kustwacht met registratie JA722A2. Japan Airlines-vlucht 516 was op 2 januari 2024 om 16:27 vertrokken van New Chitose Airport en had om 17:44:56 toestemming gekregen om op baan 34R van Haneda te landen2. Het kustwachttoestel JA722A zou bij de botsing op Haneda vertrekken om hulpgoederen naar Niigata Airport te brengen na de aardbeving op het schiereiland Noto van 1 januari 20242. De verkeersleider gaf het kustwachttoestel JA722A om 17:45:14 de instructie 'Number one, taxi to holding point C5'; het toestel reed daarna de baan op en stond om 17:46:46 op de middellijn van baan 34R2. Bij de botsing op Haneda raakte JAL-vlucht 516 het kustwachttoestel vlak na het neerzetten van het hoofdlandingsgestel, met een grondsnelheid van 120 knopen; de bemanning van de A350 had tot dat moment niet gezien dat er een toestel op de baan stond2. Na de botsing op Haneda rolde de A350 van JAL-vlucht 516 door, raakte rechts van de baan en kwam rond 17:48:14 tot stilstand op een grasveld, 2.298 meter van het zuidoostelijke einde van baan 34R2.

Bij de botsing op Haneda kwamen 5 van de 6 bemanningsleden van het kustwachttoestel JA722A om het leven; de gezagvoerder raakte ernstig gewond1. Alle 379 inzittenden van JAL-vlucht 516, de gezagvoerder, elf andere bemanningsleden en 367 passagiers, verlieten na de botsing op Haneda het toestel; één passagier raakte ernstig gewond, vier licht en twaalf passagiers werden door een arts onderzocht omdat ze zich onwel voelden1. De evacuatie van JAL-vlucht 516 begon rond 17:51:30 via de voorste deuren L1 en R1; de gezagvoerder controleerde de cabine en verliet om 17:58 als laatste het toestel via deur L42. Tijdens de evacuatie van JAL-vlucht 516 werkte de intercom in de cabine niet, zodat de cabinebemanning onderling niet kon communiceren2. Het vuur dat bij de botsing op Haneda ontstond, verspreidde zich na de evacuatie en verwoestte de romp, een motor en een deel van de vleugels van de A350 van JAL-vlucht 5162.

De Japan Transport Safety Board publiceerde op 25 december 2024 een eerste en op 25 december 2025 een tweede tussenrapport over de botsing op Haneda; een eindrapport stond op 1 oktober 2026 nog niet op de site van de JTSB3. Volgens het eerste JTSB-tussenrapport ontstond de botsing op Haneda waarschijnlijk door een combinatie van drie factoren: het kustwachttoestel meende toestemming te hebben om de baan op te gaan, de verkeerstoren merkte niet dat het op de baan stond, en JAL-vlucht 516 zag het toestel pas vlak voor de botsing2. De JTSB acht het zeer waarschijnlijk dat de gezagvoerder en de copiloot van het kustwachttoestel JA722A de instructie om naar het wachtpunt bij C5 te taxiën opvatten als toestemming om de baan op te gaan2. Volgens de JTSB wisten de piloten van het kustwachttoestel bij de botsing op Haneda niet dat JAL-vlucht 516 in aantocht was, omdat die toestemming om te landen al had gekregen voordat zij naar de torenfrequentie overschakelden2. De verkeersleider van Haneda volgde volgens de JTSB de nadering van JAL-vlucht 516 en was zich er niet van bewust dat het kustwachttoestel de baan op was gereden2. Het systeem dat in de verkeerstoren van Haneda waarschuwt bij dubbel baangebruik gaf ten tijde van de botsing alleen een visuele waarschuwing via kleurverandering op het scherm; een geluidsalarm was er niet2. In het tweede tussenrapport over de botsing op Haneda onderzoekt de JTSB onder meer vermoeidheid van de gezagvoerder van het kustwachttoestel, het ontbreken van een sterile-cockpitregel bij de kustwachtbasis en het zicht op het toestel op de baan, mede omdat beide piloten van JAL-vlucht 516 een head-up display gebruikten1.

In april 2026 meldde de JTSB dat de draagbare megafoons aan boord van JAL-vlucht 516 een onvoldoende bereik hadden om instructies door de cabine over te brengen, en dat dit type megafoon ook in veel andere toestellen aan boord is4. Een week na de botsing op Haneda, op 9 januari 2024, kondigde het Japanse ministerie van Verkeer (MLIT) noodmaatregelen aan, waaronder personeel dat baanincursies continu op de radar bewaakt; op Haneda gebeurde dat al vanaf 6 januari5. Na de botsing op Haneda stopten Japanse verkeersleiders voorlopig met het doorgeven van de vertrekvolgorde ('No.1', 'No.2'); op Haneda gold dat vanaf 8 januari 20245. Na de botsing op Haneda kregen de stopmarkeringen voor de banen een helderder kleur, op baan C van Haneda vanaf 6 januari 2024 en daarna ook op andere grote Japanse luchthavens5. Een commissie van het Japanse ministerie van Verkeer adviseerde op 24 juni 2024 na de botsing op Haneda om het waarschuwingssysteem voor baanbezetting in de verkeerstorens snel uit te breiden met een geluidssignaal en de Runway Status Lights op meer banen in te voeren6.

Het kustwachttoestel JA722A van de botsing op Haneda was een Bombardier DHC-8-315 uit 2008 met serienummer 656; de A350 JA13XJ van JAL-vlucht 516 was gebouwd op 10 november 20212. Op JAL-vlucht 516 vloog een copiloot in opleiding als pilot flying onder toezicht van de gezagvoerder, met een gekwalificeerde copiloot als safety pilot op de observatorstoel in de cockpit2.