Afriqiyah Airways-vlucht 209 werd uitgevoerd met een Airbus A320-214 met registratie 5A-ONB van Afriqiyah Airways, de Libische staatsmaatschappij2. De twee kapers van Afriqiyah Airways-vlucht 209 dreigden het toestel op te blazen; volgens de Maltese premier hadden ze een pistool en een handgranaat bij zich, maar forensisch onderzoek wees uit dat het om replica's ging3. De piloot van Afriqiyah Airways-vlucht 209 probeerde het toestel op de geplande bestemming te laten landen, maar de kapers weigerden dat; het toestel keerde nog terug tot het Libische luchtruim voordat het alsnog naar Malta vloog3. Afriqiyah Airways-vlucht 209 landde twee uur en 20 minuten na vertrek uit Sabha op Malta International Airport, dat tijdens het incident werd gesloten1. Na de landing van Afriqiyah Airways-vlucht 209 op Malta werd het toestel, waarvan de motoren nog draaiden, omsingeld door het Maltese leger en werden onderhandelaars ingezet2.

Aan boord van Afriqiyah Airways-vlucht 209 waren zeven bemanningsleden en 111 passagiers: 82 mannen, 28 vrouwen en een baby2. Bij de kaping van Afriqiyah Airways-vlucht 209 lieten de kapers eerst de passagiers en een deel van de bemanning vrij; daarna gaven zij zich op het platform over aan de Maltese autoriteiten1. Volgens Times of Malta raakte bij de kaping van Afriqiyah Airways-vlucht 209 niemand gewond; de kapers lieten 109 passagiers en zeven bemanningsleden vrij4.

Een van de kapers van Afriqiyah Airways-vlucht 209 verklaarde aan de bemanning pro-Gaddafi te zijn en zwaaide op de vliegtuigtrap met een groene vlag uit de tijd van Gaddafi3. Volgens de Libische minister van Buitenlandse Zaken wilden de kapers van Afriqiyah Airways-vlucht 209 een pro-Gaddafi-partij oprichten; een van hen zei op de Libische televisie dat de actie die nieuwe partij moest promoten1.

Een van de twee kapers van Afriqiyah Airways-vlucht 209 werd in december 2020 in Malta na een schuldbekentenis veroordeeld tot 25 jaar cel en een geldboete; de rechter benadrukte dat de rechtbank zulke daden zeer serieus neemt4.

De burgemeester van Sabha zei na de kaping van Afriqiyah Airways-vlucht 209 dat de beveiliging op de luchthaven slecht was, met 5 km open terrein tussen het gebouw en de vliegtuigen waarlangs iets aan boord gesmokkeld kon worden1. De kaping van Afriqiyah Airways-vlucht 209 was de eerste grote kaping op Malta sinds 1985, toen een toestel van EgyptAir naar het eiland werd gekaapt3.