Aeroflot-vlucht 564 werd gevlogen met de Yak-40 CCCP-87454, serienummer 9431136, gebouwd in 1974 en ingezet door het Vologda-detachement van de Leningradse directie burgerluchtvaart1. Aeroflot-vlucht 564 van Veliki Oestjoeg naar Vologda was de zesde vlucht van de bemanning die dag en werd zonder commerciële lading uitgevoerd; het toestel vertrok om 17:32 uur1. Kort na het vertrek van Aeroflot-vlucht 564 zakte het zicht op de baan van Vologda onder het minimum van 120 bij 1500 m; om 18:20 uur was het nog 1 080 m1. Bij Aeroflot-vlucht 564 zat de controlerende plaatsvervangend commandant van het vliegdetachement links en vloog het toestel; de gezagvoerder zat aanvankelijk in de cabine en kwam pas op de eindnadering terug in de cockpit1. Aeroflot-vlucht 564 passeerde het buitenste baken op 172 m in plaats van 200 m, daalde daarna sneller en kwam op 2 km van de baan 150 m links en 40 m onder het glijpad1. Aeroflot-vlucht 564 raakte met 200 km/h op 20 m hoogte de toppen van bomen, vloog nog 204 m verder en sloeg om 18:41 uur op de grond, waarna het toestel brak en in brand vloog1.

Bij de crash van Aeroflot-vlucht 564 kwamen 3 van de 5 bemanningsleden om; de gezagvoerder en de stewardess overleefden gewond1. PlaneCrashInfo meldt bij Aeroflot-vlucht 564 eveneens 5 bemanningsleden aan boord, 0 passagiers en 3 doden2.

Volgens de onderzoekscommissie gaven de leider van de vluchtdienst in Vologda en weerwaarnemers bij Aeroflot-vlucht 564 na onderlinge afspraak een zicht van 1 500 m en een wolkenbasis van 120 m door, terwijl het werkelijke zicht om 18:25 uur 850 m was1. Direct na de crash van Aeroflot-vlucht 564 werd in Vologda mist gemeten met een zicht van 700 m en een wolkenbasis van 100 m1. De bemanning van Aeroflot-vlucht 564 maakte op beslissingshoogte geen doorstart, hoewel er geen betrouwbaar zicht op de grond was1. De commissie noemde als oorzaken van de crash van Aeroflot-vlucht 564 het toelaten van het toestel bij weer onder de minima door bewust onjuiste zichtwaarden en het voortzetten van de nadering met een te vroege daling zonder zicht op de grond1.

Een tweede Yak-40 die kort na Aeroflot-vlucht 564 naderde, kreeg dezelfde onjuiste zichtwaarden, maar week na herhaalde opdrachten van de verkeersleiding uit naar een andere luchthaven1.

De Engelstalige Wikipedia beschrijft Aeroflot-vlucht 564 als een overbrengingsvlucht waarbij de verkeersleiding de weerberichten had vervalst om bepaalde toestellen te laten landen3.