Aeroflot-vlucht 40066 was een vrachtvlucht van Tiksi via Batagaj naar Jakoetsk; het ongeluk gebeurde op het eerste traject, van Tiksi naar Batagaj1. Het toestel van Aeroflot-vlucht 40066 was een Antonov An-12BP met registratie CCCP-11418 en fabrieksnummer 401712, gebouwd op 30.06.19632. De An-12 van Aeroflot-vlucht 40066 had op de dag van het ongeluk 9041 starts en landingen gemaakt1. Aeroflot-vlucht 40066 vervoerde een lading appels; aan boord waren alleen 6 bemanningsleden1. Aeroflot-vlucht 40066 daalde vanaf 5000 meter met hoge horizontale en verticale snelheid en zonder het landingsgestel en de kleppen uit te zetten1. Om 22:58 lokale tijd sloeg de An-12 van Aeroflot-vlucht 40066 in horizontale vlucht op een hoogte van 530 meter tegen een berghelling, brak volledig en brandde gedeeltelijk uit2.

Bij Aeroflot-vlucht 40066 kwamen alle 6 bemanningsleden om; er waren geen passagiers aan boord en er vielen geen slachtoffers op de grond2.

Bij Aeroflot-vlucht 40066 besloot de bemanning vooraf, zonder de verkeersleiding in te lichten, te naderen volgens een niet-bestaande procedure op een koers die alleen voor een visuele nadering bedoeld was1. Toen om 22:58:49 de hoogtewaarschuwing van de radiohoogtemeter RV-2 klonk, liet de bemanning van Aeroflot-vlucht 40066 het toestel niet klimmen en werd de waarschuwing op bevel van de instructeur-gezagvoerder uitgeschakeld1. De onderzoekscommissie stelde vast dat de bemanning van Aeroflot-vlucht 40066 bewust afweek van de naderingsprocedure, de verkeersleiding verkeerd informeerde en het toestel zonder landingsconfiguratie buiten de toegestane grenzen bracht2. Volgens de commissie gaf de verkeersleiding in Batagaj Aeroflot-vlucht 40066 klaring voor een nachtelijke nadering in bergachtig gebied zonder doorlopende radarcontrole, en controleerden de verkeersleiders de positie van het toestel niet2. De commissie noemde bij Aeroflot-vlucht 40066 ook de slechte organisatie van het vliegbedrijf bij het luchtvaartbedrijf Jakoetsk en fouten in de vlieginstructie voor de bergluchthaven Batagaj als oorzaken2. AirDisaster.ru vermeldt dat de boordradiotelegrafist van Aeroflot-vlucht 40066 voor de vlucht alcohol had gedronken2.