De Boeing 737 van Sun Air vertrok op 26 augustus 2008 om 4:40 pm (1340 GMT) uit Nyala, de grootste stad van Darfur, met bestemming Khartoum2. Ongeveer 20 minuten na de start meldde de gezagvoerder van de Sun Air-Boeing 737 aan de luchthaven van Nyala dat het toestel gekaapt was en op weg was naar Tripoli2. Volgens de veiligheidsmanager van Sun Air werd de gekaapte Boeing 737 de landing in Caïro geweigerd, waarna het toestel met weinig brandstof uitweek naar Libië en daar toestemming kreeg om te landen2. Het gekaapte Sun Air-toestel landde op een vliegveld uit de Tweede Wereldoorlog in Kufra, een afgelegen plaats in de Libische Sahara3. De twee kapers van de Sun Air-vlucht lieten eerst de passagiers vrij en gaven zich daarna over aan de Libische autoriteiten; de kaping duurde bijna 24 uur1.

Volgens de Soedanese luchtvaartautoriteit zaten er 95 passagiers aan boord van de gekaapte Sun Air-vlucht, op twee Egyptische politieagenten, twee Ethiopiërs en één Oegandees na allemaal Soedanezen3. Een directeur van Sun Air noemde 95 passagiers en zeven bemanningsleden aan boord van de gekaapte Boeing 737; andere medewerkers van de maatschappij spraken eerder van 87 passagiers2. Bij de kaping van het Sun Air-toestel vielen geen gewonden; volgens Al Jazeera kregen de passagiers wel water maar geen eten en vielen sommigen flauw toen de airconditioning in de woestijnhitte uitviel4.

De kapers van het Sun Air-toestel vroegen volgens de Soedanese luchtvaartautoriteit om asiel en een vluchtelingenstatus en wilden met bijgetankt toestel door naar Parijs3. Volgens Libische functionarissen zeiden de kapers van de Sun Air-vlucht bij de Soedanese rebellenbeweging SLM te horen; de leiding van die beweging ontkende elke betrokkenheid1.

Het Soedanese ministerie van Buitenlandse Zaken noemde de kaping van de Sun Air-vlucht een onverantwoordelijke terroristische daad en vroeg Libië om uitlevering van de kapers3. De Libische regering hield de kapers van de Sun Air-vlucht vast nadat ze zich in Kufra hadden overgegeven1.

De kaping van het Sun Air-toestel vond plaats een dag na een gewelddadige actie van Soedanese veiligheidstroepen in het ontheemdenkamp Kalma bij Nyala; of dat een motief was, bleef onduidelijk1.