De Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 vertrok op 13 augustus 2008 rond 02:30 uur van Jomo Kenyatta International Airport in Nairobi voor een vrachtvlucht naar K-50 Airport in Somalië1. Aan boord van de Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 waren de gezagvoerder, de eerste officier en een technicus, met een lading khat1. Bij K-50 Airport heerste op de dag van de crash van de Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 volgens getuigen het slechtste weer in decennia, met een lage wolkenbasis en dichte mist1. De Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 cirkelde volgens Aviation Safety Network enkele minuten boven het vliegveld en raakte daarna een communicatiemast van 60 m op ongeveer 3 km van K-50 Airport1. Door de botsing met de mast brak een deel van een vleugel van de Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 af; het toestel stortte 50 m verder neer in een open veld en vloog niet in brand1. Volgens PlaneCrashInfo raakte het vrachttoestel van Fly540 tijdens de nadering van K-50 Airport in zeer slecht weer een telefoonlijn en stortte het neer2.

Bij de crash van de Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 kwamen alle 3 bemanningsleden om; er waren geen passagiers aan boord2. Fly540 verloor bij K-50 in Somalië op 13 augustus 2008 een Fokker F27 Friendship met registratie 5Y-BVF; alle drie inzittenden kwamen om3.

Aviation Safety Network baseert zijn beschrijving van de crash van de Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 op het Accident Prevention Bulletin 2008 van de afdeling luchtvaartongevallenonderzoek van het Keniaanse ministerie van Transport1. Een officieel vastgestelde oorzaak van de crash van de Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 staat niet in de geraadpleegde bronnen; die beschrijven een botsing met een mast tijdens de nadering in mist en lage bewolking1.

De Fokker F-27 5Y-BVF van Fly540 was een Fokker F-27 Friendship 500 met serienummer 10627, gebouwd in 1982 en uitgerust met Rolls-Royce Dart 532-7-motoren1.