De DC-3 RP-C81 van MATS vertrok op 26 april 1990 om 06:21 uur voor een vlucht van Manila naar Roxas City1. De DC-3 RP-C81 van Manila Aero Transport System was een C-47A-30-DK uit 1944 met serienummer 253252. Volgens BAAA verloor de linkermotor van de DC-3 RP-C81 van MATS vermogen kort na de start van baan 13 in Manila; de gezagvoerder kreeg toestemming om terug te keren, maar zag in dat hij het vliegveld niet zou halen3. De bemanning van de DC-3 RP-C81 van MATS probeerde daarop een noodlanding op een terrein in Fort Bonifacio, minder dan 5 kilometer ten noordoosten van het vliegveld; het toestel raakte een elektriciteitspaal, stortte neer en vloog in brand3. Aviation Safety Network meldt dat een eerste startpoging van de DC-3 RP-C81 van MATS eindigde in een noodlanding op een taxibaan en dat de bemanning daarna opnieuw probeerde op te stijgen; na de motorstoring miste het toestel rakelings een rij huizen en kwam het in een rijstveld terecht2.

Bij de crash van de DC-3 RP-C81 van MATS kwamen 7 van de 22 passagiers om; de 2 bemanningsleden overleefden2. Volgens BAAA raakten bij de crash van de DC-3 RP-C81 van MATS de overige 17 inzittenden gewond3.

BAAA noemt als waarschijnlijke oorzaak van de crash van de DC-3 RP-C81 van MATS het uitvallen van de linkermotor tijdens de eerste klim, om onbekende redenen3. Manila Aero Transport System had volgens Aviation Safety Network geen toestemming om passagiers te vervoeren met de DC-3 RP-C812.

Ongeveer een jaar voor de crash van RP-C81, op 6 mei 1989, verongelukte bij Manila al een andere DC-3 van MATS (RP-C82) die eveneens zonder toestemming passagiers vervoerde; daarbij vielen geen doden2. In de lijst van ongevallen in 1990 van Aviation Safety Network staat de DC-3 RP-C81 van MATS met 7 doden in de Filipijnen4.